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蛋白質結構數據庫（ Data Bank）
PDB蛋白質結構數據庫(全稱,簡稱PDB數據庫)是美國國家實驗室于1971年創建的，由結構生物信息學研究合作組織(y for tics,簡稱RCSB)維護。PDB數據庫以文本文件形式存儲分子數據，每個分子形用一個獨立的文件。早期的分子文件的文件名后綴為“.pdb”，1997年以后每1種生物大分子對應1組(3個)相關文件分別是：全文文件(后綴為“.full”相當于原來的“.pdb”文件)、書目文件(后綴為“.biblio”)和圖形文件(后綴為“.gif”)。
PDB數據庫是生物大分子的原子坐標和描述蛋白質和其他重要生物大分子相關信息的存儲庫。結構生物學家使用x射線晶體學、核磁共振光譜和冷凍電子顯微鏡等方法來確定分子中每個原子相對于彼此的位置，然后存儲這些信息，并由PDB數據庫注釋并公開發布到檔案中。
不斷增長的pdb文件反映了世界各地實驗室正在進行的研究結構，可用于許多相關的蛋白質和核酸生命的中心過程研究，因此您可以訪問PDB數據庫以查找核糖體、致癌基因、藥物靶標甚至整個病毒的結構，具體網址：，免費在線訪問。網站主頁展示本月的特色蛋白質分子，但本篇文章主要介紹溶菌酶。
首頁搜索框，搜索溶菌酶()，結果如下圖。溶菌酶作為水解酶，是一種普遍存在于許多不同生物體中的蛋白質。在頁面左側，顯示跨越不同的分類學層次的不同的結構，以及這些結構首次發布位置的文章的引用，下滑還可以看到有大量的溶菌酶結構頁面，基本上所有的溶菌酶結構信息都在這里體現。
PDB數據庫中的蛋白質按四字母代碼分類，我們將重點關注天然人類溶菌酶的晶體結構，你可以通過它們的代碼輕松搜索。點擊每個晶體結構可以跳轉至具體頁面,看到作者的原始引文和pubmed中原始論文的鏈接。以1REX為例，它是通過X射線衍射確定的，分辨率為1.5A。
如果您想明確此結構的序列，您可以在序列選項卡下查看氨基酸的序列以及這些氨基酸對二級結構的貢獻。下圖顯示了一個alpha螺旋，一個beta表。
如果你只想要純文本格式的純氨基酸序列你可以去顯示文件，然后fasta 。這里是氨基酸從n端到c端的順序。
你也可以去3d視圖查看，這里是一個卡通版本顯示。你可以將顏色設置更改為序列，色帶顏色從藍色變為紅色，類似于彩虹色；如果將顏色更改為二級結構，藍色表示in終端，紅色表示c終端，你可以看到alpha螺旋、beta折疊和蛋白質的隨機線圈。
如果你想看一下pdb文件，你可以直接顯示它，它是一個文本文件。每個pdb文件開篇都會介紹所有原子坐標對分子的描述，來源于解決分析的結構和實驗細節的作者。
接下來文件列出了蛋白質的氨基酸序列。pdb文件的一部分定義了每個原子的精確位置、三維空間中的結構，每個原子在單獨的行中描述，前幾列將原子定義為序列中特定氨基酸的一部分，后面的列列出一組xy 和z，坐標以精確定位結構中的原子。
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